
Maluku Utara secara resmi memisahkan diri dari provinsi induknya, Maluku, pada tanggal 4 Oktober 1999.
Pemekaran ini didasarkan pada Undang-Undang RI Nomor 46 Tahun 1999 dan diperkuat lagi oleh UU RI Nomor 6 Tahun 2003, menandai babak baru bagi wilayah seluas 31.982 km² ini.
Awalnya, pusat pemerintahan provinsi baru ini berlokasi di Kota Ternate, kota bersejarah di kaki Gunung Gamalama, selama kurang lebih sebelas tahun lamanya.
Namun, pada 4 Agustus 2010, terjadi perpindahan strategis, ibukota Maluku Utara resmi digeser ke Sofifi yang berada di daratan Pulau Halmahera.